1. 基本原理

傳統PCR：

傳統PCR是一種用于擴增特定DNA片段的技術。它通過在熱循環過程中反復進行變性、退火和延伸三個步驟來實現DNA的擴增。擴增后的產物在電泳后通過膠體可視化觀察。

熒光PCR：

熒光PCR是實時PCR的一個變種，它通過在PCR反應中同時進行熒光信號的監測來實現對DNA擴增的實時定量分析。使用特定的熒光染料（如SYBR Green或TaqMan探針）來標記擴增產物，熒光信號的強度與DNA的量成正比。

2. 檢測方法

傳統PCR：

通過電泳（如瓊脂糖凝膠電泳）在擴增后進行產物檢測，通常需要額外時間進行電泳分離和成像。

熒光PCR：

在PCR反應過程中實時監測熒光信號，能夠在每個循環結束時獲取數據，實時顯示擴增曲線，無需后續電泳步驟。

3. 數據分析

傳統PCR：

數據分析通常依賴于目視觀察擴增帶的條帶（如大小和強度），定量分析相對復雜，通常需要標準曲線。

熒光PCR：

使用專門的軟件分析熒光信號，能夠計算出基因的起始量（Cq值），定量分析更為精準和簡單，且可以生成標準曲線。

4. 靈敏度和特異性

傳統PCR：

靈敏度和特異性依賴于引物設計和擴增條件，可能存在非特異性擴增的問題。

熒光PCR：

由于使用了熒光探針或染料，能夠提供更高的靈敏度和特異性，減少非特異性擴增的干擾。

5. 應用領域

傳統PCR：

多用于基本的DNA擴增、克隆、突變分析和某些診斷應用。

熒光PCR：

廣泛應用于基因表達分析、微生物定量檢測、遺傳變異檢測、病原體檢測等領域，特別是在需要高靈敏度和定量分析的場合。

6. 設備要求

傳統PCR：

需要基本的PCR儀和電泳設備。

熒光PCR：

需要配備實時PCR儀，能夠實時監測熒光變化，設備相對昂貴。